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질문 SDS-PAGE stacking gel 내 단백질 분리 문제
올챙이arklion(과기인)  | 2021.07.16 16:53
첨부파일 파일첨부: KakaoTalk_20210716_164536034.jpg (526 KB)
이미지 첨부파일

안녕하세요.

 

SDS-PAGE 관련하여 문의드립니다.

 

제가 기존에 시약을 전부 만들어서 진행할 때는 전혀 문제가 없었는데

 

Bio-rad에서 TGX 제품을 한 번 써보고자 몇 번 진행을 해봤는데

 

첨부된 그림처럼 stacking gel에서 마커에서 단백질의 분리가 일어나더군요..
(천천히 내려보고자 50V로 진행하였습니다.)

 

사진에 검은 줄이 stacking gel과 resolving gel의 경계선입니다.

 

기존에는 dye 따라서 stacking을 지나 resolving에서 분리가 시작되었는데

 

몇 번을 반복해도 동일한 현상이 나타나는데 이러한 현상이 왜 생기는걸까요.

 

달라진 건 gel 제조 시 사용된 acrylamide와 buffer, SDS 뿐이긴 한데..

(APS와 TEMED는 기존 것을 사용했습니다.)

 

고견을 묻습니다.

#SDS-PAGE
 
#PROTEIN
 
#Stacking gel
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  2021.07.16   

사진의 gel은 만든 gel인가요 TGX gel인가요?

올챙이arklion  |  2021.07.16   

SPEED 님.

 

사진의 gel은 TGX gel입니다.

기존에 TGX gel은 resolving gel과 stacking gel을 한 번에 굳히는데

위는 각각을 굳힌 것입니다.

(그렇게 하든 안하든 동일하게 stacking gel에서 분리가 나타나네요..)

대왕개구리SPEED  |  2021.07.16   

TGX gel은 precast gel 아닌가요?

올챙이arklion  |  2021.07.16   

제가 사용한것은 precast gel은 아니고 같은 브랜드의 fast cast 제품입니다.

 

TGX™ FastCast™ Acrylamide Kit, 10% 제품입니다.

 

https://www.biocompare.com/11119-Chemicals-and-Reagents/14310787-TGX-8482-FastCast-8482-Acrylamide-Kit-10/

대왕개구리SPEED  |  2021.07.16   

stacking gel은 몇 %인가요?

그리고 위의 답변에 stacking과 running gel을 동시에 굳힌다고 했는데

어떻게 한다는 것인가요?

연속 gel을 말하는 것 같습니다만..

올챙이arklion  |  2021.07.16   
제가 설명이 부족했습니다.

TGX FastCast 제품은 resolving gel을 부은 뒤, 바로 stacking gel을 부어서 함께 굳히도록 (시간 상 편하게) 매뉴얼에 나와있습니다. 그러나 저러나 위의 현상이 나타납니다.

해당 제품의 stacking gel은 많이들 사용하는 것과 동일하게 4%로 파악됩니다. (대리점 문의)

Stacking gel 조성의 문제인지는 업체에 문의를 남겨 두었지만, 제가 직접 제조 했을 때는 이런 현상이 전혀 나타나지 않았기도 하고 일반적이지는 않은 것 같아 혹 경험이 있으신가 하여 질문 남겼습니다.
대왕개구리SPEED  |  2021.07.16   
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

SDS-PAGE buffer system에서 stacking gel에서는 band 분리가 일어나지 

않습니다.

제품을 보니 fast 방법으로 만든 제품인것 같은데 running gel이 굳기 전에

stacking gel을 정확히 만들수는 없습니다.

acrylamide를 굳히는 system이 원래 그렇습니다.

연속 PAGE gel외에 출발하자마자 분리되는 gel은 보지 못한것 같습니다.

그러나 stacking gel%가 높으면 가능성은 있습니다.

올챙이arklion  |  2021.07.16   
답변 감사합니다. 아무래도 제품에 문제가 있는 것 같네요. 업체 쪽에 문의를 다시 해보겠습니다.
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