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- 시료가 조직인가요 cell인가요?
- 두 실험 모두 동일 시간대에 시료를 만들고 RNA 변화를 억제했나요?
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레벨1
도오비
(대학원생)
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22.07.26 10:47
앗 중요한걸 말씀안드렸네요 ㅠ
같은 날 해부한 조직입니다!
저희가 외부에 slide제작을 맡기는데 slide가 좀 늦게 오는 바람에 해부한지 2-3개월 정도 지난 slide 입니다!
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레벨1
도오비
(대학원생)
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22.07.26 11:21
같은 조직 sample을 사용하였습니다!
- qPCR 사용 조직은 어떻게 보관했고 언제 RNA 추출을 했나요?
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kdy991117@naver.com
(비회원)
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22.07.26 13:55
보관은 -80도에 하였고 extration은 해부한 직후 뽑아 qPCR으로 확인한 것입니다!
두 시료간 interval이 있는것 같습니다만..
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kdy991117@naver.com
(비회원)
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22.07.26 14:42
slide가 3개월 후에 실험이 진행된게 영향이 컸나보네요..ㅠ
만약 slide에서 probe 의 signal이 qPCR보다 줄어든 모습을 보이면 slide가 너무 오래되서 signal이 잘 안잡히는구나 하고 생각할텐데
qPCR에선 상대적으로 발현 수준이 낮게 나오고 in situ에선 상대적으로 signal이 강하게 나와 고민이네요..
- 보관은 -80도에 하였고 extration은 해부한 직후 뽑아 qPCR으로 확인한
것입니다!
: 해부 후에 보관하지 않나요?
- 보관 후에 해부했다는 것은 어떤 뜻인가요?
- RNA는 모든 실험을 동시에 하는 것이 좋습니다.
in situ는 spatial gene expression이고요.
qPCR에 사용한 RNA는 bulk gene expression입니다.
- in situ는 상당한 구역 내에서만 진행하셨기 때문이고.
qPCR에 사용한 RNA는 in situ로 확인된 구역 말고도 발현이 되지 않는 구역까지 모아서 RNA를 뽑고 진행하셨기 때문입니다.
이를 spatial genomic, bulk genomic라고 부릅니다.
자세한 것은 구글링 해보시면 좋겠습니다.