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- NCBI에 Pichia ciferrii TEF N-term의 염기서열이 있기 때문에 ATG 상류로
염기서열 분석을 한 후 PCR로 promoter 영역을 얻을 수 있습니다.
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레벨2
수박고구마
(대학원생)
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22.09.20 12:37
speed님 답변 감사합니다.. 죄송하지만 혹시 그 방법도 알려주실 수 있으실까요...
이틀째 NCBI를 만져보고 있는데 아직 모르는게 너무 많은 것 같습니다..
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레벨2
수박고구마
(대학원생)
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22.09.20 12:45
1. Pichia ciferrii and TEF 로 검색했을 때 나오는 gene은 putative regulatory protein 으로 검색됩니다. 이걸 사용해도 괜찮은지 모르겠습니다.
2. NCBI에 Pichia ciferrii TEF N-term의 염기서열이 있다고 하셨는데, 이것을 찾아보는 방법을 잘 모르겠습니다. 1번에 질문드린 방법대로 검색하면 되는건지 알려주시면 감사하겠습니다.
3. TEF gene과 EF gene이 동일한 것인지도 알고싶습니다. Saccharomyces cerevisiea에서는 S. cerevisia and TEF로 검색하면 아주 잘 나오는데... Pichia ciferrii는 연구가 덜 되어서 그런건지 잘 안나와서 조금 답답하네요..
1. putative regulatory protein 으로 검색됩니다.
: 현재로서는 putative 자료 밖에 없습니다.
2. 염기서열
: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_011274040.1
3. 세포에서 elogation으로 부르는 반응이 여러개 있나요?
S.cerevisiae는 산업적으로 가장 많이 사용되는 효모이기 때문에 2000년도에
genonome project가 끝났지만 Pichia는 산업적으로 많이 사용하는 pastoris
정도만 염기서열 대부분을 알수 있습니다.
ciferrii는 연구가 많이 되지 않아서 genome 정보가 별로 없습니다.
- 추가로 ciferrii의 부분 gDNA 자료를 보면 TEF 상류 염기서열이 나와있는데
그래도 직접 염기서열 분석을 해서 확인하는 것이 좋을 것으로 판단됩니다.
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레벨2
수박고구마
(대학원생)
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22.09.20 13:26
답변 감사합니다.. 두 가지만 더 여쭙고자 합니다.
1. elongation이라고 부르는 것이 여러 개인지 잘 모르겠습니다..
2. 찾아주신 seq에서 상류서열을 어떻게 확인하라는 말씀이신지 잘 모르겠습니다. sequencing을 통해서 확인해보라는 말씀이신지요? 그리고 NCBI에서 상류서열을 확인하는 방법도 말씀해주시면 감사하겠습니다..
- N-term을 사용하여 R primer를 만들어 염기서열 분석하면 promoter 부분이 읽혀 집니다.