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질문 Miseq 타겟 프라이머 조건
알사과농약(대학원생)  | 09.26 16:55

Miseq 으로 해양환경시료의 Metagenome 을 분석하고자 합니다.

18S V3-V4 region 을 타겟으로 하며

Miseq분석회사에 custom primer 진행으로 타겟 시퀀스 프라이머 합성까지 맡길 예정인데

 

"해당 primer로 라이브러리를 제작하게 될 경우 제공해주셔야 할 정보는

Primer 서열, Target size(bp), PCR 조건(annealing 온도, pcr 사이클 수 등) 입니다."

라고 분석회사에서 요청한 것에 대해 질문이 있습니다.

 

18S V3-V4 region의 universal primer 서열과 그에 따른 타겟 사이즈는 알겠습니다만,

** 이때 PCR 조건은 무엇을 의미하나요?

 

타겟 시퀀스에 대한 프라이머에 대한 PCR 조건을 알더라도, 결국 library 제작

시에는 (overhang sequence + 타겟 프라이머) 조합으로 1차 PCR, 2차로

index PCR이 진행될텐데, 그렇다면 overhang sequence 까지 더해진 타겟

프라이머의 Annealing 온도는 달라지는 것 아닌가요?

#Miseq
 
#metagenome
 
#primer
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