1. 침전물이 보이지 않으면 꼭 vortexing할 필요는 없습니다.
- 단, 그럼에도 프로토콜에서 vortexing하라고 하면 반드시 해야합니다.
- 얼린 것을 녹인 후에는 반드시 스핀다운해서 아래쪽으로 모은 후 사용해야 합니다.
- 또한 RNAaseA 제조후 소량씩 분주해서 얼려놓고 필요한 것만 녹여서 사용해야 합니다.
- 시약 전체를 매번 녹여서 사용하고 얼리고 하면 결국 RNaseA 활성이 줄어들게 됩니다.
2. 고온으로 끓였다가 실온에서 천천히 식혀서 사용하는 이유가 DNase가 오염되어 있어서 이를 불활성시키려고 하는 것입니다.
- DNase free 표시가 없는 조금 더 싼 RNaseA 시약을 구입하셨다면 그렇게 하시는 것이 맞습니다.
- 하지만 DNase free RNaseA 시약으로 저렴한 국내 제품도 많으므로, 이왕이면 그것을 사용하시면 좋을 것 같습니다.
3. 그렇지 않다고 생각합니다.
- 다만, RNA가 제대로 제거되지 않았다면, 전기영동했을 때 마치 DNA가 분해된 것처럼 보일 수도 있겠습니다.
4. 충분히 많은 CTAB buffer와 충분한 RNaseA를 처리했다면 RNaseA가 부족해서 RNA가 남아있는 현상은 없을 것입니다.
- 다만, 제 경험상 일부 식물에 있는 어떤 이차대사산물은 RNaseA의 활성을 방해해서 RNA가 남아있을 떄도 있습니다.
- 이럴 떄는 genomic DNA를 추출 완료후 다시 RNaseA를 처리하고 정제하시면 됩니다.
다당류가 많은 식물재료 (뿌리, 줄기, 종자, 열매 등)에서 수작업 CTAB 방법으로 genomic DNA 추출하는 것은 정말 어렵습니다.
- 다당류를 제거하기 위해서 페놀 또는 클로로포름을 여러번 처리해야 하지만, 그럼에도 마지막에 DNA를 녹일때 끈적이고 젤리가 형성됩니다.
- 따라서 시간과 노력을 절약하기 위해 column 방식의 kit을 사용하시는 것을 추천드립니다.
- 그리고 genomic DNA 추출후 RNA가 약간 오염되어 있더라고 이후 분석이 PCR 분석이라면 충분히 사용 가능할 것으로 생각됩니다.
참고용 자료도 첨부하였습니다.
좋은 실험 결과 얻으시길 기원합니다.