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BioLab 김한준 교수
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 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
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질문 추출한 dna의 rna 오염 문제(다당류가 많은 식물 샘플)
올챙이오르골(대학원생)  | 2022.10.03 20:43

초보 대학원생입니다.

 

식물로부터 ctab방법으로 dna를 추출하였고,

전기영동 결과 dna가 깨졌습니다.

그리고 qc 결과 rna 오염이 있었습니다.

 

제 궁금증은 아래와 같습니다.

1.냉장 보관된 rnase a를 사용하기전에 반드시 vortexing을 해야 하나요? 저는 하지 않았습니다.

모든 시약은 사용 전에 vortexing을 해야하나요? 가라앉은게 안보이면 시약의 농도가 균일한걸로 알고있었는데, 제가 잘못 알고 있는걸까요?

 

2.10mg/ml rnase a를 제조하였습니다.

시그마에서 rnase a 가루를 구매하여, 가루를 물에 녹였고, rnase를 제거하기 위해 고온에 끓이기도 했습니다.

그런데  rnase나 dnase가 오염되게 rnase a를 만들었던것일까요???

 

3.rna의 존재가 dna를 깨지게 하는데 영향을 미칠수도 있는건가요??

 

4.제가 사용하는 식물 샘플이 다당류가 많은편이여서, dna 추출시 끈적거리고, 마지막에 elution시 물을 넣으면 젤리를 형성합니다.

이런경우 rnase a 가 영향을 못끼치는 부분이 있어서 rna 오염 될수도 잇을까요?

 

 

실험 결과가 노력한만큼 투자한만큼 나오지 않아서 너무 힘듭니다.

#dna추출
 
#rna오염
 
#dna 깨짐
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
지나가다가  |  2022.10.03    
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
첨부파일 파일첨부: A4.GeneAll Exgene Plant SV kit을 이용한 gDNA 추출방법_(~2022-10-04_수정).docx (392 KB)

1. 침전물이 보이지 않으면 꼭 vortexing할 필요는 없습니다.
    - 단, 그럼에도 프로토콜에서 vortexing하라고 하면 반드시 해야합니다.
    - 얼린 것을 녹인 후에는 반드시 스핀다운해서 아래쪽으로 모은 후 사용해야 합니다.
    - 또한 RNAaseA 제조후 소량씩 분주해서 얼려놓고 필요한 것만 녹여서 사용해야 합니다.
    - 시약 전체를 매번 녹여서 사용하고 얼리고 하면 결국 RNaseA 활성이 줄어들게 됩니다.

2. 고온으로 끓였다가 실온에서 천천히 식혀서 사용하는 이유가 DNase가 오염되어 있어서 이를 불활성시키려고 하는 것입니다.
    - DNase free 표시가 없는 조금 더 싼 RNaseA 시약을 구입하셨다면 그렇게 하시는 것이 맞습니다.
    - 하지만 DNase free RNaseA 시약으로 저렴한 국내 제품도 많으므로, 이왕이면 그것을 사용하시면 좋을 것 같습니다.

3. 그렇지 않다고 생각합니다.
   - 다만, RNA가 제대로 제거되지 않았다면, 전기영동했을 때 마치 DNA가 분해된 것처럼 보일 수도 있겠습니다.

4. 충분히 많은 CTAB buffer와 충분한 RNaseA를 처리했다면 RNaseA가 부족해서 RNA가 남아있는 현상은 없을 것입니다.
   - 다만, 제 경험상 일부 식물에 있는 어떤 이차대사산물은 RNaseA의 활성을 방해해서 RNA가 남아있을 떄도 있습니다.
   - 이럴 떄는 genomic DNA를 추출 완료후 다시 RNaseA를 처리하고 정제하시면 됩니다.

다당류가 많은 식물재료 (뿌리, 줄기, 종자, 열매 등)에서 수작업 CTAB 방법으로 genomic DNA 추출하는 것은 정말 어렵습니다.
- 다당류를 제거하기 위해서 페놀 또는 클로로포름을 여러번 처리해야 하지만, 그럼에도 마지막에 DNA를 녹일때 끈적이고 젤리가 형성됩니다.
- 따라서 시간과 노력을 절약하기 위해 column 방식의 kit을 사용하시는 것을 추천드립니다.
- 그리고 genomic DNA 추출후 RNA가 약간 오염되어 있더라고 이후 분석이 PCR 분석이라면 충분히 사용 가능할 것으로 생각됩니다.

참고용 자료도 첨부하였습니다.

좋은 실험 결과 얻으시길 기원합니다.

대왕개구리SPEED  |  2022.10.03   
CTAB - Phenol 추출법으로 하면 gDNA가 깨끗하게 나옵니다.
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