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> "인간 유전자 리스트 => 대응되는 개 유전자 리스트" 로 바꾸는 작업을 하려 하고 항목이 만개가 넘어서 manual로 하기에는 어려움이 따르고 있습니다..
안녕하세요.
이런 경우는 인간 유전자와 개 유전자 protein 서열의 fasta 파일을 얻으셔서, 직접 blastp, mmseqs2, diamond 등으로 서로 비교해보는 편이 가장 빠르리라 생각합니다. Linux 가 돌아가는 랩탑이나 서버가 있으면 좋겠습니다.
인간/개 유전자 fasta 파일들이 isoform 을 포함하고 있다면, 그 중 처음부터 "primary transcripts" 만을 선별해서 분석하시거나, isoform 을 다 포함시켜 분석하신 다음 이후 gene ID 나 locus ID 로 ortholog pairing 을 하셔야 할 수 있습니다.
종이 여럿이 되면 OrthoFinder 나 pSONIC (OrthoFinder + MCscanX) 등을 써보셔도 좋겠습니다만, 비교할 종이 두 개라면 닭잡는 데 소잡는 칼 쓰는 격이 되겠습니다.
NCBI homologene 은 조금 오래 되어서 요즘 새로운 데이터로 교체하려는 노력을 하고 있는 것으로 알고 있습니다. 그 외에도 ortholog 데이터를 제공하는 database 들이 많다고는 하지만, 딱 원하는 것을 제공해주는 경우는 잘 없는 듯 합니다.
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레벨5
실험은안될때가더많아
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22.12.13 17:06
만개까지 되는지는 모르겠습니다만
homo sapiens gene에서 다른 organism의 ortholog gene 찾을 때 https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/orth
사용해본적 있습니다.