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BioLab 장재봉 교수
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 전체 > Molecular Biology-RNA > Purification/Isolation
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질문 바이러스가 숙주가 없는 상태이면 추출하기도 전에 RNA degradation되기도 하나요??
알uiouio(대학생)  | 2022.11.25 21:25
RNA 추출을 하고 있는데 뭘 해도 안되고 DEPC treated water로 사용하는 모든 기구들을 소독을 해도 안돼서 너무 힘들어서 글 남깁니다..

제가 stool suspension(대변 현탁액)에 있는 노로 바이러스에서 RNA 추출을 해야 하는데 계속 되지 않아서 기구 소독에 신경을 많이 썼는데요.

너무 안되니까 이제 샘플에 문제가 있지는 않을까라는 생각이 조심스럽게 듭니다.

바이러스가 생존을 하려면 숙주가 있어야 하는데 제가 받는 샘플은 어떠한 동물 세포나 조직에 배양된 바이러스가 아니라 그냥 stool suspension에 있는 바이러스이거든요.
저는 이 stool suspension을 다른 곳에서 아이스팩에 동봉된 상태로 보낸 곳에서 보낸지 3시간 만에 받아 바로 -80도에 aliquot해서 보관을 했었습니다.

하지만 제가 받은 샘플의 경우 조직이나 세포에 배양된 바이러스가 아니다 보니 바이러스가 쉽게 죽지 않을까 생각도 해봤는데
교수님께서 stool suspension에서 바이러스 상태로 RNA 추출를 추출하는 거고 RNA 자체를 받은 게 아니라 샘플에는 절대 문제가 없다고 하시는데 정말 바이러스 샘플에는 문제가 있을 가능성이 없을까요..?
#바이러스
 
#RNA
 
#대변
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  2022.11.25   
기구 문제는 아닐겁니다.

바이러스만 있으면 냉장에서 년단위로 보관 가능합니다.

RNA 추출 후 어떻게 확인하나요?
알uiouio  |  2022.11.25   
나노드랍과 agarose gel로 확인하였습니다.
대왕개구리SPEED  |  2022.11.26   
전기영동으로 확인될 정도로 virus양이 많나요?

PCR로는 확인을 안하나요?

컬럼에 붙이는 시료양을 늘이는 방법 또는 virus를 농축해서 하는 방법으로도 해보세요.

virus가 있는데 추출이 안되는건지, 없어서 추출이 안되는 건지 확인이 필요할것 같습니다.
알uiouio  |  2022.11.27   
첨부파일 파일첨부: 1669371661176.png (143 KB)
이미지 첨부파일
RNA 추출 후 바로 cDNA 합성한 결과입니다.
RNA의 농도는 85 ng/uL가 나왔으며, 전기영동을 한 cDNA는 5 uL, dye 1uL를 넣어주었습니다.
합성이 잘된 게 맞나 확인하고 싶어 negative cpntrol도 합성해서 비교하였습니다.
전기영동 결과 negative control과는 다른 결과가 나왔지만 선명한 cDNA 밴드가 아니라 RNA 추출에 문제가 있어 cDNA 합성이 잘되지 않았다고 판단하였는데 맞을까요..?
대왕개구리SPEED  |  2022.11.28   

- 우선 RNA를 전기영동 확인해 보세요.

 

- 1~3은 positive control이 아니라 sample group입니다.

 

- cDNA 길이는 얼마인가요?

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