Fgenesh 나 genescan 등으로 다른 정보 (hint), 예를 들어 근연종의 protein-coding 유전자 모델, 확실히 발현이 되는 것으로 알려진 transcript 서열이나 RNA-seq 데이터 없이, 유전체 서열만으로 유전자 모델을 예측하려고 하면 정확도가 많이 떨어집니다.
Fgenesh 는 아마 위에서 말한 "hint" 들을 사용해서 유전자 모델 예측을 좀 더 정확하게 하기 위해 Fgenesh+ 나 Fgenesh++ 같은 버젼들이 있는 것으로 알고 있습니다.