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질문 Fgenesh, geneid, genescan
알비나리(대학생)  | 2022.12.04 17:00

안녕하세요 생물정보학을 이제 막 배우기 시작한 정말 초보입니다.

같은 뉴클레오타이드 서열로 3가지 사이트를 이용해 분석을 했는데

결과가 어느정도 다를 수는 있다고 알고 있거든요...

근데 geneid, genescan은 결과값이 비슷한데

Fgenesh에서 도출한 값은 혼자 따로 놀더라고요...

이렇게까지 다를 수 있나요? 뭔가 잘못한건가요??

#bioinformatics
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리BlackSmile  |  2022.12.05   

어떤 식으로 달랐는지 구체적으로 알 수 있을까요?

개구리크옷  |  2022.12.13   

안녕하세요. 

Fgenesh 나 genescan 등으로 다른 정보 (hint), 예를 들어 근연종의 protein-coding 유전자 모델, 확실히 발현이 되는 것으로 알려진 transcript 서열이나 RNA-seq 데이터 없이, 유전체 서열만으로 유전자 모델을 예측하려고 하면 정확도가 많이 떨어집니다. 

Fgenesh 는 아마 위에서 말한 "hint" 들을 사용해서 유전자 모델 예측을 좀 더 정확하게 하기 위해 Fgenesh+ 나 Fgenesh++ 같은 버젼들이 있는 것으로 알고 있습니다. 

 

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