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C-ter 최말단 Arginine(아르기닌)은 Trypsin으로 안 잘리지 않나요?
레벨1 rlatl77791sh (대학원생)
트립신은 Arg 의 뒤쪽, 즉 carboxyl 기를 자릅니다.
따라서 y1. 즉 C-terminal의 최말단이 Arg가 있는 peptide라면 트립신이 자를 수 없을겁니다.
Arg는 parent peptide와 앞쪽, 즉 amide 기 쪽으로 연결되어 있으니까요.
그런데 왜 LC MS 예제들은 다 C-terminal 최말단의 Arg가 트립신에 의하여 잘려나가는 것으로 되어 있을까요? [2,3]
(예: "첫 번째로 parent peptide에서 잘려나간(최말단의) amino acid가 다른 아미노산이라면 C-terminal 최말단에서 떨어져나간것인지 N-terminal 최말단에서 떨어져나간 것인지 알 수 없습니다.
그러나 이 경우 Arg가 잘려나갔기 때문에 C-terminal 최말단에서 잘려나간 것임을 알 수 있습니다...")
어려운 문제는 아닌 것 같은데 도저히 알지를 못하겠습니다...
[1] Mol Cell Proteomics . 2004. Trypsin cleaves exclusively C-terminal to arginine and lysine residues
[2] De novo peptide sequencing from mass spectrometry data https://www.youtube.com/watch?v=zZsI8GM45gc&ab_channel=MatthewPadula
[3] Interpreting tandem mass spectra of peptides (Proteomics) https://what-when-how.com/proteomics/interpreting-tandem-mass-spectra-of-peptides-proteomics/
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