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질문 gene locus에서 염색체 번호 0번..?
알늬야옹(대학원생)  | 01.21 23:12

안녕하세요. 대학원에서 식물을 공부하고 있는 학생입니다.

BRIC에 처음으로 글을 남기네요 잘 부탁드립니다.

이번에 RNA-seq 데이터로 분석을 해야할 일이 있어서 데이터를 보게 되었습니다. 

제가 교수님께 받은 파일은 엑셀로 된 파일이고.. gene locus는 다 지정(?)된 상태의 RNA-seq데이터 인데요,

예를 들어 토마토유전자

Solyc00g0050000 부터 Solyc12g100360 까지 있습니다.

제가 아는 한, 맨 처음 두 자리 숫자는 염색체 번호인데,

Solyc00g0050000는 염색체가 0번이라는 뜻일까요? 이게 무엇을 의미하는지 도저히 모르겠어서 질문 남깁니다..

우선 토마토 데이터베이스인 Sol genomics network에는 정보가 나오는데

Plaza에는 아예  검색도 안됩니다..

무슨 뜻인지 알려주실 분 계신다면 정말 감사하겠습니다 ㅠㅠ

 

 

#gene locus
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
개구리크옷  |  01.25 14:46  

안녕하세요. 

말씀하신 Sol genomics network 의 FTP site 에 가보시면 이 유전체 assembly 의 여러 버젼들을 볼 수 있습니다. 

https://solgenomics.net/ftp/tomato_genome/Heinz1706/assembly/

살펴보니 "Version 2.10 (2010-06-25)" 부터 염색체 "pseudomolecule" (contig, scaffold 들을 genetic, physical, optical mapping 등을 통해 염색체에 존재할 것으로 여겨지는 순서대로 늘어놓은 것) 을 만들기 시작한 듯 합니다. 

https://solgenomics.net/ftp/tomato_genome/Heinz1706/assembly/build_2.10/ReleaseNotes.txt

Version 2.10 release note (위 링크) 를 보시면: 

All scaffolds that could not be placed on either of the 12 tomato chromosomes by either the genetic or physical maps were placed on an artificial "chromosome 0". The scaffolds on this chromosome are ordered from large to small and unoriented.

라고 하네요.  즉 12 개 염색체를 만들고 남은 조각들을 모두 "chromosome 0" 에 무작위 순서로 넣은 모양입니다.  보통 이렇게 안 하고 "unplaced" 조각들 (scaffold / contig) 은 각각 따로 유전체 assembly 에 포함시키는데 조금 특이합니다. 

이 "0번 염색체" 에 존재하는 유전자들은 그 자체와 주변 서열은 밝혀졌지만, 유전체내 위치 정보는 정해지지 않은 상태입니다.  Version 4 (2019년) 까지 가면서 일부 "0번 염색체" 서열들이 제 위치를 찾아들어가지만 아직 남아있는 조각들이 있네요. 

RNA-seq 에는 문제가 없겠지만, 유전체끼리 synteny 등을 비교하실 때는 "0번 염색체" 는 제외하고 분석하시면 되겠습니다. 

 

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