안녕하세요, 마우스 샘플 1개 테스트를 위해 HISAT2 돌리다가 문제가 생겼습니다.
노트북(Intel(R) Core(TM) i5-10210U CPU @ 1.60GHz 2.11 GHz, 16RAM)에서 버추얼박스를 설치해 우분투에서 돌렸습니다.
아래는 제가 입력한 명령어입니다.
hisat2 -p 4 --rna-strandness RF -x ./2.Input/GRCm39 -1
./2.Input/LA50-3-CO_1_paired.fastq -2
./2.Input/LA50-3-CO_2_paired.fastq 2>
./3.Output/LA50-3-CO_log| samtools view -@ 8 -Sbo ./3.Output/LA50-3-CO.bam
실행 1~2초후, 끝나는 느낌이고 실행로그를 살펴보면 아래와 같이 적혀있습니다.
Warning: the current version of HISAT2 (2.2.1) is older than
the version (2.127.0) used to build the index.
Users are strongly recommended to update HISAT2 to the latest version.
Out of memory allocating plen[] in Ebwt::read() at gfm.h:6069
Error: Encountered exception: 'std::bad_alloc'
Command: /home/shkim/apps/hisat2-2.2.1/hisat2-align-s --wrapper basic-0
-p 4 --rna-strandness RF -x ./2.Input/GRCm39 --read-lengths
101,97,99,98,95,93,92,90,96,94,81,91,89,88,84,83,79,75,87,82,78,76,72,70 -1
./2.Input/LA50-3-CO_1_paired.fastq -2 ./2.Input/LA50-3-CO_2_paired.fastq
(ERR): hisat2-align exited with value 1
메모리 부족문제라고 하는데, 정말 메모리 문제가 맞는지 궁금합니다.
아니면, 버추얼박스에서 돌렸기 때문인지요?
질문을 정리해보겠습니다.
1. 가상머신을 사용했기 때문인가요? 아니면, 가상머신 사용 여부와 관계없이 메모리 부족 문제인가요?
2. 메모리 부족 문제라 가정하고, 새 PC를 구입해야 한다면 어느 정도 사양이면 될까요?(완제품 우선 추천 부탁드립니다. 업체로부터 트리밍 되지 않은 raw data fastq파일을 제공받아, 분석을 시작해보려 합니다)
시간 할애해주셔서 감사합니다.
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