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BioLab 최정욱 교수
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 전체 > Molecular Biology-DNA > etc.
조회 952  스크랩 인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
질문 transcription factor의 potential 관한 기본적인 질문입니다.
알슈동(대학생)  | 02.01 20:24

JASPAR등과 같은 사이트에서 특정 gene에 대한 특정 Transcription factor의 binding을 prediction하면, 어떤 T.F A같은 경우에는 promoter 기준 전후로 굉장히 많은 prediciton site가 나오고 또 다른 T.F. B는 prediction site가 많지는 않지만 promoter 바로 앞부분에 위치한 prediction site가 나오는데요. 기초적인 것일 수도 있는데 문득 이런 의문이 들었습니다. 그렇다면 A가 이 gene에 더 potential한 T.F일지 혹은 B가 더 강력한 inducer일지가 궁금해졌습니다. 경우에 따라 다를 것 같긴 하지만, 둘 중 어느 것이 더 potential하다고 봐야할까요? 

#Transcription factor
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리SPEED  |  02.01 22:57  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.
T.F가 결합한다고 inducer라고 볼수있는 근거가 있지는 않을겁니다.

해당 T.F가 turn on, off or up, down regulation에 대하여 알려져있나요?

A, B가 같은 gene 상류에 결합하나요?

예상 binding site 수로 판단하기 힘들겁니다.
개구리크옷  |  02.02 11:36  
채택답변: 질문자가 채택한 답변입니다.

윗분 말씀하신 것들과, 소리마당 댓글에 더해서 ... 

굉장히 많은 prediction site 가 나오는 경우, binding site consensus 가 짧고 간단한 편이어서 그냥 유전체에 어디에나 많이 존재하는 경우일 수도 있습니다. 

단순히 갯수보다는 background 와 비교해서 얼마나 특이한가를 살펴야 하겠습니다, 

...

특정 프로모터 서열에 TF biding site 가 있느냐 없느냐 만으로 해당 프로모터에 대한 TF activity 를 추정하기는 어렵다고 생각합니다.  다수의 프로모터들 집단끼리 비교해서 통계적인 경향성을 본다거나 하는 분석이라면 모르겠지만요, 

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