이미 만들어진 단백질이 degradation이 되지 않고 있으면 차이를 western으로 확인 어렵습니다. 

qPCR로는 확인 하셨나요?

"Havest전 cell morphology상에서 transfection이 확실하게 이루어 진 것은 확인하였으나"

morphology로 transfection이 되었다는 것이 확인이 되나요? siRNA에 flourescence conjugation되어 있나요?

이런저런 문제로 인해 Western blot으로 knockdown 확인이 되지 않는다면, qRT-PCR로 우선 확인해 볼 수 있습니다.