선생님들 안녕하십니까? 학부생입니다.

현재 plasmid를 DH5a cp cell에 transformation해서 midi prep한 다음 confirm하는 과정을 진행중인데요. 이상한 밴드가 계속 나와서 머리가 아픕니다...

gel은 0.7%고 non-cut plasmid입니다. plasmid가 맞는지만 적당히 확인하기 위해 cut은 안했고요.

사진에서 2번레인이 이전에 쓰던 것이고 (stock) 3,4 번레인이 새로 midi한건데 

위쪽의 supercoil이나 nick 이런 밴드는 알겠는데 밑에 100-300bp?에 이상한 밴드가 눈에 보일정도로 진해졌네요. 자세히 보면 맨 윗밴드도 진해진 것 같고요. 이 밑에 밴드가 뭔지 모르겠습니다. 이전 랩에서 midi하면서 이런 밴드를 본 기억이 없는데.. contamination된건지? 

260/280값이 조금 높게 나오기는 하는데 (1.9이상) 이건 stock midi했을 때에도 마찬가였습니다. 아마 midi에 쓰는 buffer가 오래된 거라 그런 것 같은데.. 그걸 감안해도 눈에 보이지 않던 밴드가 진해져서 머리가 아프네요.

제가 생각하기에는 gDNA나 RNA가 섞여있거나 (당연히 Sol1에 RNase A 처리하고 4도씨 보관, 실험중에도 ICE보관하면서 했습니다) plasmid denaturation이 되어서 single strand가 나왔거나(이전에도 똑같이 inverting하고 lysis 5분했는데 왜..) 하는 것 같은데 이걸 어떻게 해야 할 지 모르겠습니다. 

transfection할 때 사용할 거라 이상한 것 같으면 처음부터 그냥 새로운 CP cell 까서 buffer까지 새로 바꿔버려야 할지... RNase나 enzyme cut을 시도해봐야 할지 고민입니다.

만약 RNA contamination이라면 RNase를 처리하고도 293T에 transfection 할 수 있는지도 궁금합니다.

사용한 midi kit는 N*****B**** kit입니다. 

이전에 Q사에서는 이런게 보이지 않았던 것 같은데.. 아무리생각해도 잘 모르겠네요. Neutralization 이후 ICE incubation과정이 없어서 그런건지..

도와주세요 선생님들..