안녕하세요 최근 PCR을 세팅하고있는 피린이 입니다.
현재 apoptosis 관련된 마커들을 몇가지 확인하고자 primer design을 진행 중 입니다. 여기서 한 가지 궁금한 점이 생겨서 이렇게 질문드리게 되었습니다.
보통 Primer를 짜기 전에 보고자하는 유전자서열을 전체 긁어온뒤 프라이머를 짜고있습니다.
조금 더 구체적으로는 NCBI, UCSC 에서 해당 유전자를 검색하고 타겟 유전자를 불러와 유전자멥을 그려놓습니다. 프라이머를 20-24 mer 정도의 크기로 Tm 값이나 GC%, target gene size 등 확인하며 디자인 진행 중에 있었습니다. 여기서 궁금한 점은 다음과 같습니다.
1) target gene만 인식하는지는 어떤식으로 평가를 하시나요?
2) cleaved form 의 유전자들을 어떻게 디자인을 해야할까요..?? 유전자를 검색해도 cleaved ~~~ 이렇게 검색하면 따로 검색이 되지 않아서 위의 방식으로 디자인을 진행하지 못하고 있습니다..ㅎㅎ....
여기저기 검색해가며 찾아보려하는데 이렇다할 해답을 얻지 못했습니다ㅠㅠ
물론 다른 논문들을 찾아보면서 해당 primer의 sequence를 얻을 수는 있었습니다만, 저는 제가 직접 짜는 방법을 알고있는 것이 더 좋을거라 생각이 들어 이렇게 질문드립니다.
염치없지만 PCR 고수님들은 보통 어떻게 찾으시는지 도움을 부탁드리겠습니다!!
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