안녕하세요? 

Ligation 단계의 문제라기보단 Ampicillin 의 효능이 떨어져서 satellite colony 가 생기는 게 아닐까요? 

Ampicillin 은 incubation 시간이 지남에 따라 효능이 약해지기 쉬워서, 권장량보다 조금 더 많이 넣거나 (50 대신 75~100 사용, 단위는 아마 mg/L), ampicillin 대신 carbenicillin 을 썼던 것으로 기억합니다. 

https://www.promega.com/resources/pubhub/enotes/can-carbenicillin-be-substituted-for-ampicillin-when-selecting-for-the-pgem-vectors/

ampicillin plate는 윗분이 말씀해주신대로 ampicillin이 쉽게 degradation되기 때문에 satelite colony가 main colony주변에 촘촘히 자라기 쉽습니다.

가운데 있는 main colony만 잘 따서 쓰시면 큰 문제 없을거에요.

정 찜찜하시면 ampicillin plate에 도말하기 전에 ampicillin solution을 100~200ul정도 도말하고 transformation된 bacteria를 도말해보세요.

한결 나을겁니다.

안녕하세요. 

overnight 시간을 짧게해 보세요.

12~14시간 정도만 하고 형성되는 작은 colony를 따보세요~ 

전에 그런 경험이 있는데 메인 콜로니 옆에 주변 뜬 콜로니는

항생제 저항성을 어떨결에 얻게된 녀석일 가능성이 큽니다

메인 콜로니 배양해서 seq 맡겨보시고

안되면 다시 진행하시는 것이 좋을 것같습니다.

전에 저같은 경우는 메인 콜로니도 시퀀싱하였을 때 결과가 안나온 적이 있었고

vector와 insert를 다시 준비해서 클로닝하여 성공했었습니다

엠피실린보다는 카베니실린을 써보세요. 좀 더 나은 결과를 얻을 듯 합니다. 아래의 링크에 엠피실린과 키베니실린의 공통점과 차이점이 비교 기술 되어 있습니다. 가장 큰 차이는 stability일 듯 합니다. 참고하세요

https://www.laboratorynotes.com/ampicillin-vs-carbenicillin/