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PCR은 항상 base error가 발생할 가능성이 있기 때문에 2nd PCR에서 base error가 100% 발생하지 않는다고 확인이 되면 진행해도 됩니다.
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레벨2
MELLOW
(과기인)
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23.03.23 12:01
혹시, pfu polymerase를 사용하면, 에러가 줄어드니까 좀 괜찮을까요..??ㅠㅠ
cDNA를 사용한 PCR도 pfu polymerase를 사용하고 있습니다.
- 환자 DNA의 변이를 haplotype에서 확인하고자
: template의 변이인지 PCR error인지 구분이 힘들지 않을까요?
- 이런경우는 1st PCR product를 분석하는 것이 가장 좋습니다만 시료가 적다고 하니 5개 ~ 10개 정도 cloning 시료를 의뢰해서 동일한 변이가 나오면 template 변이로 봐도 되지 않을까 보입니다.
안녕하세요 요즘엔 Pfu DNA polymerase보다 훨씬 Fidelity가 높고 피씨알도 잘 되는 제품들이 많이 나오고 있습니다. 혹 PCR 에러가 걱정되시면 좀 더 높은 Fidelity DNA polymerase를 사용해보시는건 어떨까요? platinum polymerase같은
아래에 링크를 걸어뒀습니다. 실험에 도움이 되길 바랍니다.
https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/pcr/pcr-enzymes-master-mixes/platinum-high-fidelity-pcr-enzyme.html?gclid=Cj0KCQjw8e-gBhD0ARIsAJiDsaVlDt2HjaFAtTiC2ZnhVPusZvDvsdeM--6dRFNOdwTYtU4AQhhKMMAaAuNBEALw_wcB&ef_id=Cj0KCQjw8e-gBhD0ARIsAJiDsaVlDt2HjaFAtTiC2ZnhVPusZvDvsdeM--6dRFNOdwTYtU4AQhhKMMAaAuNBEALw_wcB:G:s&s_kwcid=AL!3652!3!411557916676!!!g!!!8905025482!89355472306&cid=bid_mol_pch_r01_co_cp1358_pjt0000_bid00000_0se_gaw_dy_pur_con
- pfu도 100% error가 없다고 말할 수 없습니다.
- 특히 질문의 실험과 같은 template의 변이를 확인할 경우, 시료가 부족한 경우는 효소 보다 실험 방법을 중요시 해야 합니다.