안녕하세요
유산균에 대한 qRT-PCR 수행하고자 유사 논문에서 primer를 찾았습니다.
그러나 찾은 논문의 유산균 종과 제가 확인하고자 하는 유산균(여러개라서 직접 PCR 진행하여 확인하는 것은 어렵습니다)의 속은 같으나 종이 달라 primer 증폭이 가능한지 확인하고 싶습니다.
확인할 수 있는 프로그램이나 방법이 있을까요?
이런부분 잘 아시는분 있으면 답변 부탁드립니다!!
잘 아시는분?이 아니라 댓글 안달까 했었는데
찾은 논문의 유산균 종과 실험자께서 확인하고자 하는 유산균의 sequence 정보가 있으면 모를까 없으면 일단 PCR해 보지 않고 알 수 있는 방법이 있을까 싶네요.
저도 잘 아는 사람은 아니지만
직접 PCR하는 것 말고는 sequence 전체 서열을 알아야 할 것 같아요
NCBI에서 검색하셔서 그 sequence가 속하는지 확인하신다거나
하지만 보시려는 species에 맞는 primer를 다시 찾거나 짜서 사용하는게 빠를 것 같습니다
clone manager와 같은 primer 디자인 등을 할 수 있는 프로그램들 검색해보면 많습니다. 무료버전 다운받으시고 NCBI-nucleotide 들어가서 원하시는 염기서열 찾아서 프로그램 통해 alignment 도 해 볼수 있고, primer가 붙는지 확인 등 다 할 수 있습니다. 화이팅하세요