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어떤 단계의 버퍼에서 NP-40 이 들어가는지요?
Tris-Cl, NaCl, NP-40 등의 조성은 IP 든 Western 이든 Lysis buffer 에도 모두 포함되는 것이니 당연히 cell lysis 기능이 있습니다.
Co-IP 같이 Complex 를 보는 경우는 SDS 나 sodium deoxycholate 같은 detergent 는 complex 를 깨기 때문에(3차구조를 풀어버립니다) 상대적으로 약한 NP-40 만 넣어준 Lysis Buffer 를 사용하기도 합니다.
제가 IP 를 할때는 Cell lyse 단계 외에는 NP-40 이 들어간걸 쓰지 않았습니다만..Bead 에 바인딩하고 워싱해줄때 Lysis Buffer 로 써주기도 하긴합니다만..다른 조성의 detergent 가 들어간 버퍼를 쓰지는 않습니다..
참고로 NP-40, Triton X-100, Tewwn-20은 non-ionic detergent cell membrane을 깰 수 있습니다. 다만 organelle membrane에는 작용하지 못하며, protein interaction에도 크게 영향을 주지 않습니다.
따라서 위의 buffer에서 cell을 깨는 작용을 하는 것은 NP-40이며 나머지는 buffer와 ionic strength를 맞춰주는 salt입니다.
실험을 위한 용액들을 만들때 그냥 cooking이라고 생각하지 마시고 왜 들어가는지 생각을 꼭 해보십시오.
죄송하지만 이 정도는 알고 실험을 하셔야 된다는 생각이 듭니다.
Tris는 생화학 시간에 배우는 'buffer' 입니다.
pH를 유지시켜 주는 것이죠.
NaCl은 salt죠. 보통 생체내의 salt 농도와 유사하게 100~150mM로 많이들 쓰시구요.
NP-40는 non-ionic detergent죠.
Detergent 니까 lipid를 water solution에 녹을 수 있게 해 주는 거구요.
세포는 lipid로 둘러쌓여 있느니 이런 setergent가 들어가면 membrane이 파괴되고 그러면 lysis가 되는 겁니다.