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BioLab 신동혁 교수
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김민석
김민석 (Minseok Kim) 저자 이메일 보기
The Ohio State University, 현 전남대학교
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97 KB
 
조회 3009  인쇄하기 주소복사 트위터 공유 페이스북 공유 
Evaluation of different partial 16S rRNA gene sequence regions for phylogenetic analysis of microbiomes

Minseok Kima , Mark Morrisona, b, Zhongtang Yua

a Department of Animal Sciences, The Ohio State University, 2029 Fyffe Road, Columbus, OH 43210, USA
b CSIRO Livestock Industries, St. Lucia, Australia

Corresponding author. ,Zhongtang Yu

Abstract
Operational taxonomic units (OTUs) are conventionally defined at a phylogenetic distance (0.03-species, 0.05-genus, 0.10-family) based on full-length 16S rRNA gene sequences. However, partial sequences (700 bp or shorter) have been used in most studies. This discord may affect analysis of diversity and species richness because sequence divergence is not distributed evenly along the 16S rRNA gene. In this study, we compared a set each of bacterial and archaeal 16S rRNA gene sequences of nearly full length with multiple sets of different partial 16S rRNA gene sequences derived therefrom (approximately 440?700 bp), at conventional and alternative distance levels. Our objective was to identify partial sequence region(s) and distance level(s) that allow more accurate phylogenetic analysis of partial 16S rRNA genes. Our results showed that no partial sequence region could estimate OTU richness or define OTUs as reliably as nearly full-length genes. However, the V1-V4 regions can provide more accurate estimates than others. For analysis of archaea, we recommend the V1-V3 and the V4-V7 regions and clustering of species-level OTUs at 0.03 and 0.02 distances, respectively. For analysis of bacteria, the V1-V3 and the V1?V4 regions should be targeted, with species-level OTUs being clustered at 0.04 distance in both cases.

Keywords : Diversity; 16S rRNA gene; OTUs; Partial sequences

논문정보
- 형식: Research article
- 게재일: 2011년 01월 (BRIC 등록일 2016-08-17)
- 연구진: 국외연구진
- 분야: Microbiology
- 피인용횟수: 120회 이상 인용된 논문
  댓글 1
회원작성글 AvianTG  (2022-08-13 01:23)
Congratulations on your great achievement! From Kichoon Lee
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