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[학술] 논문의 실험그래프 해석 문의드립니다.
회원작성글 상량(대학생)
  (2022-10-27 10:39)

아래 그림은 건선환자와 정상인의 각질세포에서 PCSK9 유전자 발현 차이를 비교한 결과인데요

hetero와 homo는 이해가 가는데 reference는 무엇을 기준으로 reference를 잡아서 비교를 하는 걸까요?

hetero일 경우, homo일 경우 말고 ref는 뭘의미하는 것인지 모르겠어서 도움 부탁드립니다.

논문에도 딱히 reference에 대한 언급은 없어서요... 

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태그  #멀티오믹스   #건선   #pcsk9
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  댓글 2  
회원작성글 phdkim(과기인)  (2022-10-27 11:06)
1
올리신 그림이 포함된 논문의 본문과 Methods를 보면 Tsoi et al. (2019)에서 수행한 primary keratinocyte RNA-seq 데이터를 다운로드 받아서 variant calling하고 genotype에 따라 그룹을 나누었습니다. REF는 reference genome의 genotype과 동일한 CC, HET은 CT, HOMO는 TT로 calling된 데이터를 분류했다고 볼 수 있습니다. expression level은 DESeq2으로 측정했다고 하는데 구체적으로 써 있지는 않지만 log2 TPM으로 추정됩니다. 참고로 RNA-seq으로 genotyping하면 monoalleleic expression은 검출하지 못합니다.
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회원작성글 상량(대학생)  (2022-10-27 12:24)
2
감사합니다~~
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