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[학술] ncbi 유사도 질문
회원작성글 원앙오리(대학원생)
  (2023-03-05 21:00)
파일첨부 1 : 제목 없음.png (57 KB)
파일첨부 2 : 2.png (30 KB)

안녕하세요. 계통 분류를 연구하고 있는 대학원생입니다. 

제가 어느 한 종을 시퀀싱해서 ncbi에 블라스트를 실행했는데 유사도가 83%가 나옵니다.

분석한 종은 진뱅크에 올라와 있는 논문에 나온 프라이머를 사용하였는데 peak도 괜찮은데 유사도가 왜이렇게 낮은 이유를 모르겠네요...



태그  #ncbi
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  댓글 2  
회원작성글 미생물생태(과기인)  (2023-03-14 20:56)
1
축하드립니다. 새로운 속을 발견하셨습니다. 저는 세균 계통학을 주로 하는 사람인데, 흥미가 생겨서 살펴보니 곤충인데 연구가 거의 안 된 그룹이네요. Froggattiella 속도 COI, COII 유전자가 두 서열 만 NCBI GenBank nr db에 업로드 되어 있을 정도로 이쪽 그룹이 연구가 안되어 있네요. 위에 Froggattiella penicillata의 KY221044.1 서열을 blastn으로 GenBank nr database와 비교 해 보면 Froggattiella penicillata 종 1개 빼고는 다른 속과 79% 차이 납니다. 그만큼 이 그룹은 연구가 안되어 있다는 이야기니. 지금 글쓴이가 발견한 개체도 새로운 속일 가능 성이 매우 높습니다. 곤충에도 아직까지 이런 그룹이 남아 있다는 것이 신기하네요. 요즘에 세균도 신속 찾기가 이전보다 쉽지 않는데. peak가 깨끗하다고 하셨으니 데이터가 이상한 것도 아니네요.
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회원작성글 미생물생태(과기인)  (2023-03-14 21:06)
2
Multiple alignment를 해 보거나 계통수를 그려보면 좀 더 확실히 알 수 있습니다. 다중 정렬 (multiple alignment)을 해 보고 여러 속에서 보존되어 있는 부분이 같이 보존되어 있는 것을 확인하면 sequencing error가 아니라는 것을 간접적으로 확인 할 수 있습니다. BLASTN 결과에서도 MSA라고 되어 있는 부분을 보면 다중 정렬을 보여주며, Bioedit나 ClustalX 등을 이용해서 정렬을 해보실 수 있습니다.
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