핵산(Nucleric acid)은 펜타카본산, 인산, 염기로 구성이 되어 있습니다.

가 인산화된 올리고핵산은 일반 올리고핵산보다 안정적이기 때문에 종종 핵산 약물에 사용되고 있습니다.

리보스의 추가적인 변형은 결합 친화력을 더욱 증가시킵니다.

이 어플리케이션에는 PVA-Diol Gel을 사용한 HILICpak VN-50 2D 컬럼을 이용하여 2'-MOe, 2'-MOE Modified Phosphorothioated Oligo-RNA를 분석하였습니다.

① 모든 리보스가 2'-MOE(2'-Methoxyethyl)로 변형된 합성 인광성 Oligo-RNA

② 2'-MOE로 치환된 리보스의 양 말단에 5개의 염기를 갖는 합성 인광성 Oligo-RNA

③ 모든 리보스가 2'-OMe(2'-O-Methyl)로 변형된 합성 인광성 Oligo-RNA

④ 리보스 변형이 없는 합성 인광성 Oligo-RNA

<크로마토그램>

Sample : 0.2 mg/mL each (in H₂O), 1 μL
1. Synthesized phosphorothioated oligo-2'-MOE-RNA 20mer(cartridge purified),
[2MOeA]*[2MOeU]*[2MOeA]*[2MOeC]*[2MOeC]*[2MOeG]*[2MOeA]*[2MOeU]*[2MOeU]*[2MOeA]*[2MOeA]*[2MOeG]*[2MOeC]*[2MOeG]*[2MOeA]*[2MOeA]*[2MOeG]*[2MOeU]*[2MOeU]*[2MOeU]

2. Synthesized phosphorothioated oligo-2'-MOE(1-5/16-20)-RNA 20mer(cartridge purified),
[2MOeA]*[2MOeU]*[2MOeA]*[2MOeC]*[2MOeC]*[rG]*[rA]*[rU]*[rU]*[rA]*[rA]*[rG]*[rC]*[rG]*[rA]*[2MOeA]*[2MOeG]*[2MOeU]*[2MOeU]*[2MOeU]

3. Synthesized phosphorothioated oligo-2'-OMe-RNA 20mer(cartridge purified),
[2OMeA]*[2OMeU]*[2OMeA]*[2OMeC]*[2OMeC]*[2OMeG]*[2OMeA]*[2OMeU]*[2OMeU]*[2OMeA]*[2OMeA]*[2OMeG]*[2OMeC]*[2OMeG]*[2OMeA]*[2OMeA]*[2OMeG]*[2OMeU]*[2OMeU]*[2OMeU]

4. Synthesized phosphorothioated oligo-RNA 20mer(cartridge purified),
A*U*A*C*C*G*A*U*U*A*A*G*C*G*A*A*G*U*U*U

* means phosphorothioated position

Column       : Shodex HILICpak VN-50 2D (2.0 mm I.D. x 150 mm)
Eluent       : (A)50 mM HCOONH4 aq. (pH9.8)/(B) CH3CN
               Linear gradient ;
               (B %) 64 to 57 % (0 to 10 min), 57 % (10 to 20 min), 
                     57 to 64 % (20 to 20.01 min), 64 % (20.01 to 25 min)
Flow rate    : 0.3 mL/min
Detector     : UV (260 nm) (small cell volume), ESI-MS (SIM Negative)
Column temp. : 40 °C

HILICmode에서는 친수성이 높을수록 샘플의 유지 시간이 증가합니다.

합성 인광 Oligo-RNA 중에서 2-MOE 변형이 더 많은 것은 낮은 친수성을 가집니다.

따라서 2-OME Modified는 변형이 이루어지지 않은 물질에 비해 유지시간이 짧은 특징을 가지게 됩니다.

반면에 2-OME는 2-MOE보다 친수성이 높습니다.

따라서 모든 리보스는 2-OME로 변형되지만 2-MOE로 부분적으로 변형된 리보스(피크 2, 3)와 거의 동시에 용출됩니다.

※ 이 어플리케이션은 이온쌍 시약이나 이동상에 고농도의 염을 사용할 필요가 없습니다.

따라서 올리고 뉴클레오타이드 LC/MS분석에 매우 적합합니다. ^^

<Shodex HILICpak VN-50 2D Column spec Sheet>