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 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
질문 plasmid prep 후 농도와 plasmid band 패턴이 관련이 있을까요?
알소람(대학원생)  |  2022.07.19

안녕하세요! 이상한 plasmid로 인해 실험에 차질이 생겨 조언을 얻고자 질문 올립니다. 

plasmid prep 후에 nano drop으로 측정한 농도가 일반적인 sample의 1/10 이상 낮게 나왔습니다. (일반적으로 적어도 100ng/ul 이상은 나오는데 10ng/ul대입니다) 그래서 1% agarose gel에 plasmid를 걸어보니 supercoil form과 linear form으로 추측되는 band, 이 2개 band가 거의 비슷한 진하기로 나오더라구요. 제한효소 처리하였을 때는 깔끔하게 잘 잘리구요!

제한효소 처리해서 괜찮으면 어떤 form이든 plasmid를 사용하는 데 있어서 문제가 되진 않는다는 의견을 봤는데요, 제 경우에는 plasmid 농도가 너무 낮게 나와서 실험에 이용하기가 힘듭니다ㅠㅠ 

다른 sample과 함께 prep을 진행하였는데 항상 이 sample 하나만 이러한 결과가 나오는 걸로 봐서는 prep 과정의 문제는 아닌 것 같습니다.

그리고 이 sample도 수율이 높았던 적이 있었는데 그 때의 plasmid를 gel에 걸어보니 지금 수율이 낮게 나오는 것과 전혀 band 패턴이 다르더라구요. supercoil form이 가장 많은 일반적인 plasmid band 패턴이었습니다!

수율이 낮은 것과 plasmid band 패턴이 이상한 것이 관련이 있을까요?

아무리 서치해봐도 속시원한 답이 나오지 않네요,, 혹시 이런 경우가 있었던 분이 계시다면 조언 부탁드립니다..!

#plasmid prep
#agarose gel electrophoresis
#plasmid band
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