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정확도순 ㅣ 날짜순
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| Q. ChIP할 때 몇가지 궁금한 사항입니다.. |
| 제가 실험하는 건 ES cell로 하는데
제가 찾은 논문의 protocol을 보면
2*10^6의 cell로 하더라고요..
... ..제대로 되었는지 확인은 어느 스텝에서
가능할까요?
ChIP을 해보신분들께서 조언을 부탁드립니다, ... |
| A. Spin down 하실 때 Serum을 최종농도 10%정도 되게 넣어 주시고 하면 pellet이 잘 보입니다. 2million cell이면 엄청 많은 양인데요. 얼마나 빨리 돌리시는지 모르겠네요. |
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답변 4 | 2007.10.05 |
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| Q. 지냐님? ChIP 질문좀 드릴게요^^; |
| 문제여서요..
제가 하는 순서를 말씀드리면..
sample 180㎕ + chip dilution buffer 820㎕
(대부분 10배라고 나오던데...2ml 튜브도 없고..그걸 돌릴만한게 없어서..ㅡㅡ;;
그냥 total 1ml 맞췄습니다..dilution buffer의 ... |
| A. 그리고 아시겠지만 IP가 된다고 ChIP이 꼭 되지는 않습니다.
ChIP은 crosslink가 된 상황에서 epitope을 잡아내는거라서,
아무래도 쓰이는 antibody도 polyclonal이면 좋구..
anti FLAG을 쓰시고 계셨죠?
혹시 모 회사의 ... |
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답변 2 | 2007.12.21 |
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| Q. ChIP에 관한 급질문~ |
| histone ChiP을 하려고 setting 중입니다.
우선 sonication condition 을 잡기위해 1% formaldehyde로 fixation한 후 시간대별
로 sonication을 하고 decrosslinking을 한후 DNA 를 확인하면 이상하게 DNA가 잘리
지 않고 그냥 ... |
| A. 잘은 모르지만 histone 자체의 modification을 보신다면 궂이 crosslinking이 필요하지 않을 것 같은데요. ^^ |
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답변 4 | 2007.04.01 |
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| Q. ChIP을 하려고 하는데요...어떻게 해야할지...ㅠ |
| 불구하고...
실험실 들어온지 얼마 되지도 않았는데 ChIP을 하라네요..ㅡㅡ
제가 아는게 별로 없어서 그런데...
대충 찾아본 정보로 이해한건...
A라는 protein이 chromatin에 있는 B gene의 promoter에 binding하고 ... |
| A. 당연히 다른 논문 참고 하셔도 되구요.. 단 PRIMER는 당근 B GENE을 보셔야겠죠..
일단 chip의 개념을 잡으시구요.. 그다음엔 pcr이니까.. 혹시 잘모르시면 pcr primer잡는 일반적인 개념을 생각하시구요.. |
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답변 3 | 2007.09.20 |
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| Q. ChIP에 사용하는 lysis buffer.... |
| gDNA를 sonication 하고 있는지...어째든 좀 필요한데요...
지금 ChIP에 사용하는 lysis buffer에는 SDS,EDTA,Tris-HCl,P.I 이렇게 들어갑니다.
lysis하고..sonication 안하고 reverse cross-link 한다음에 DNA 뽑아서 걸어보니까 ... |
| A. genomic DNA를 뽑는것과 동일하게 하셔도 될것 같습니다.
흔히 ChIP을 할때는 sonicated 된 total input DNA를 PCR의 control로 쓰지,
genomic DNA를 쓰진 않죠 사실..; ... |
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답변 1 | 2007.10.26 |
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| Q. chip assay 과정중에 sonication과 ip에 관한 질문 |
| 수행되었는지 여부입니다.
IP가 제대로 되었다고해서 CHIP assay가 수행되는것은 아니지만.
ip가 제대로 되었는지 확인이 되어야 promotor부분만을 제 디자인 할지,
혹은 처음부터 다시 조건을 바꾸어서 ... |
| A. protein G넣고,
(일반적인 IP방법대로..)
wash는 왠만하면 chip wash 조건대로..(low, high, licl, te)wash 해주시고
dye넣고, boiling해서 western 하심 될꺼에요~
근데 저도 문제가 IP로 band 확인 다 했는데
pcr이 안되네요. ... |
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답변 1 | 2008.01.10 |
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| Q. ChIP 할때 cell 양은 어느정도로? |
| ChIP assay를 처음하는 학생입니다. 실험실에 똑부러지게 알고 계시는분이 안계셔서 새로 조건잡기가 참 힘드네요 :(
다른분께 여쭤보니 한번할때 10cm plate 10판씩 cell을 가지고 한다고 하시더라구요.
DNA를 ... |
| A. cell은 10의 6승개로도 충분합니다.
아가로즈보다는 마그네틱 비드가 핸들링이 좋으니, 더 낫겠죠^^ |
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답변 4 | 2008.07.29 |
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| Q. Chip assay and antibody |
| ,
아무래도 걸려서요,, Ip는 물론 w.b도 되지 않는 ab로 chip assay를 하는 것이 무리가 없을까요?
trouble shooting과정에서 확인할 길이 없을것 같아 고민입니다 ... |
| A. 결합한 DNA를 확인하는 방법인데 IP가 되지 않는 항체라면 ChIP도 되지 않아야 하지 않을까요?
항체가 DNA에 결합하는것은 아닙니다.
개념을 잘못 이해하고 계신거 같아서요.. ... |
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답변 3 | 2010.12.22 |
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| Q. ChIp에서 Input.. |
| ChIP을 처음으로 하고 있는데요..
처음 하는과정이라 연습삼아 해보고있는데..
역시나 실수를 해버렸어요. Input으로 쓸 sonicated lysate를 덜어놓지 않고..
바로 IP를 시작해버렸는데요..
그래도 한번 ... |
| A. 음...솔직히 data 화 시키지 못할 실험인것 같네요
IgG control 로 input 을 해도 맘에 걸리는 실험이구요
저라면 연습삼아 한 것으로 보고 최종적으로 IP 한 sample 만 갖고 PCR 돌려볼듯 싶네요..ㅎㅎ
어차피 다 ... |
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답변 3 | 2011.04.24 |
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Q. ChIP을 위해 sonication condition을 잡으려하는데 DNA가 안 잘립니다. ㅡ.,ㅡ |  첨부파일 |
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문제 해결을 하지 못해 같은 질문을 다시합니다.
histone ChiP을 하려고 setting 중입니다.
우선 sonication condition 을 잡기위해 1% formaldehyde로 fixation한 후 시간대별
로 sonication을 하고 decrosslinking을 한후 DNA ... |
| A. crosslinking condition은 cell마다 다른거니깐 좀 더 조정해보셔야 할듯합니다.
lysis buffer는 deoxycholate가 들어간게 RIPA비슷한거군요..?
0.1% SDS에 Tris는 Upstate의 kit에서도 그정도입니다~
제가 있는 실험실 주변 ... |
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답변 1 | 2007.05.15 |
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